Zespół Aqua - to grupa przestępcza z Hoenn, zaciekli przeciwnicy Zespołu Magma, który ma dokładnie odwrotne problemy. Celem Zespołu Aqua jest odnalezienie i zbudzenie legendarnego Kyogre, który zasłynął w mitologii jako twórca wód i oceanów. Z jego pomocą zamierza zalać świat, by było więcej miejsca dla wodnych Pokémonów.